Tuy được sinh trong một gia đình quý tộc nhưng có lẽ vì sớm mồ côi nên Đạo Nguyên (Dogen) đã nhanh chóng bước vào cuộc sống tăng lữ ở tuổi thiếu niên.

Mấy năm đầu Ngài học giáo lý Thiên Thai. Đến năm 15 tuổi, Ngài nghi vấn tại sao ai cũng có bản tính Bồ Đề mà chư Phật phải phát tâm và tu trì mới giác ngộ. Mối nghi không được giải toả, Ngài rời núi Tỷ Duệ (Hieiji) đến đầu môn với thiền sư Vinh Tây (Eisai: 1141 - 1215), người đã du nhập phái thiền Lâm Tế Trung Hoa vào Nhật từ năm 1191 và đang tạo lập các thiền viện tại Kyoto và Kamakura. Vinh Tây đáp rằng: “Phật chẳng hề động niệm, chỉ có hạng mê mờ mới khởi tâm”. Đạo Nguyên có phần tâm đắc nên ở lại tu tập với Vinh Tây, và sau đó khi Vinh Tây tịch, Ngài tiếp tục tu với đẹ tử nối pháp là thiền sư Minh Toàn (Myozen). Tám năm sau Ngài được Minh Toàn ấn chứng, nhưng lòng khao khát ngưỡng giải thoát vẫn mãnh liệt khiến ngài sang Trung Hoa vào năm 1224. Ngài đi tham vấn khắp nơi cuối cùng đến núi Thiên Đồng cầu đạo với Thiền sư Như Tịnh, tổ tông Tào Động đời thứ 15 (1138-163), được truyền thừa như sau: Động Sơn Lương Giới - Tào Sơn Bổn Tịch - ... Lương Sơn Duyên Quán - Thái Dương Cảnh Huyền - Đầu Tử Nghĩa Thanh - Phù Dung Đạo Giai - Tử Thuần Đơn Hà - Chân Yết Thanh Liễu - Hoàng Tri Chánh Giác - Thiên Đồng Như Tịnh.